Masatoshi Nei (jap. 根井 正利, Nei Masatoshi; * 2. Januar 1931 in der Präfektur Miyazaki) ist ein Genetiker und Evolutionsbiologe japanischer Herkunft. Er ist Evan-Pugh-Professor der Biologie und Direktor des Institute of Molecular Evolutionary Genetics an der Pennsylvania State University.
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