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Molecular Beacons sind in der Molekularbiologie zur Identifizierung und Quantifizierung von DNA genutzte spezielle Hybridisierungssonden. Sie bestehen aus einer einzelsträngigen DNA mit einer Stamm-Schleifen- oder Haarnadelstruktur, an deren zum Stamm gehörenden 3'- und 5'-Enden sich ein Fluoreszenzfarbstoff bzw. ein Quencher befinden. Die Schleife hingegen beinhaltet eine zur Ziel-DNA komplementäre DNA-Sequenz. Eine Hybridisierung mit der Ziel-DNA bewirkt eine Fluoreszenzzunahme, die analytisch beispielsweise in Hybridisationsanalysen und in der quantitativen Echtzeit-PCR genutzt wird.
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