Thomas Scharnagel (* 7. März 1880 auf dem Rothof in Bamberg; † 7. März 1953 in Freising) war ein deutscher Saatgutexperte und Pflanzenzüchter. Von 1928 bis 1948 leitete er als Direktor die Bayerische Landessaatzuchtanstalt in Weihenstephan.
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