John R. Allen (* 15. Dezember 1953 in Fort Belvoir, Virginia) ist ein US-amerikanischer General des United States Marine Corps. Vom 18. Juli 2011 bis zum 10. Februar 2013 war er Befehlshaber der International Security Assistance Force (ISAF). Zwischen September 2014 und Oktober 2015 fungierte Allen als Sonderbeauftragter der Vereinigten Staaten für die Internationale Allianz gegen den Islamischen Staat (IS).