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- Der Celera Assembler, ein Genom-Assembler, wurde ursprünglich von dem Unternehmen Celera entwickelt und wird nun als Open-Source-Projekt weitergeführt. Er wird dazu genutzt, aus vielen kurzen genomischen Fragmenten, die durch eine Whole-Genome-Shotgun-Sequenzierung gewonnen wurden, eine lange zusammenhängende Sequenz zu rekonstruieren. Dabei werden mit einem Seed-and-Extend-Ansatz Überlappungen zwischen den bereinigten Fragmenten gesucht. Daraus wird der Overlap-Graph konstruiert. Eine Spanning-Forest-Heuristik setzt die Fragmente zu Unitigs zusammen. Diese wiederum werden vom Greedy-Path-Merging-Algorithmus mit Hilfe der Mate-Pair-Informationen und dem Contig-Mate-Graph zu Scaffolds arrangiert. Die Lücken zwischen den Contigs können eventuell mit bisher ungenutzten Fragmenten und Mate-Pairs heuristisch gefüllt werden. Am Ende wird die Konsensussequenz durch ein Multialignment aller Fragmente über den gefundenen Scaffolds berechnet. (de)
- Der Celera Assembler, ein Genom-Assembler, wurde ursprünglich von dem Unternehmen Celera entwickelt und wird nun als Open-Source-Projekt weitergeführt. Er wird dazu genutzt, aus vielen kurzen genomischen Fragmenten, die durch eine Whole-Genome-Shotgun-Sequenzierung gewonnen wurden, eine lange zusammenhängende Sequenz zu rekonstruieren. Dabei werden mit einem Seed-and-Extend-Ansatz Überlappungen zwischen den bereinigten Fragmenten gesucht. Daraus wird der Overlap-Graph konstruiert. Eine Spanning-Forest-Heuristik setzt die Fragmente zu Unitigs zusammen. Diese wiederum werden vom Greedy-Path-Merging-Algorithmus mit Hilfe der Mate-Pair-Informationen und dem Contig-Mate-Graph zu Scaffolds arrangiert. Die Lücken zwischen den Contigs können eventuell mit bisher ungenutzten Fragmenten und Mate-Pairs heuristisch gefüllt werden. Am Ende wird die Konsensussequenz durch ein Multialignment aller Fragmente über den gefundenen Scaffolds berechnet. (de)
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- Der Celera Assembler, ein Genom-Assembler, wurde ursprünglich von dem Unternehmen Celera entwickelt und wird nun als Open-Source-Projekt weitergeführt. Er wird dazu genutzt, aus vielen kurzen genomischen Fragmenten, die durch eine Whole-Genome-Shotgun-Sequenzierung gewonnen wurden, eine lange zusammenhängende Sequenz zu rekonstruieren. (de)
- Der Celera Assembler, ein Genom-Assembler, wurde ursprünglich von dem Unternehmen Celera entwickelt und wird nun als Open-Source-Projekt weitergeführt. Er wird dazu genutzt, aus vielen kurzen genomischen Fragmenten, die durch eine Whole-Genome-Shotgun-Sequenzierung gewonnen wurden, eine lange zusammenhängende Sequenz zu rekonstruieren. (de)
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- Celera Assembler (de)
- Celera Assembler (de)
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