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- Die BTO (BRENDA Tissue Ontology) ist eine umfangreiche, strukturierte Enzyklopädie. Sie bezieht sich auf Begriffe und Bezeichnungen für Gewebe, Organe, anatomische Strukturen, Pflanzenteile, Zellkulturen, Zelltypen und Zelllinien in Organismen aus allen taxonomischen Gruppen (Tieren, Pflanzen, Pilzen und Einzellern), aus denen die Enzyme isoliert bzw. in denen sie nachgewiesen wurden. Die BTO ist eine der ersten gewebespezifischen Ontologien im Bereich der Lebenswissenschaften, die sich nicht auf einen Organismus oder eine Organismengruppe konzentriert und somit einen leichten Zugang zu den umfassenden Informationen ermöglicht. Sie wird von anderen Datenbanken als Datenquelle verwendet oder in deren Suchfunktionen integriert, beispielsweise vom Ontology Lookup Service und MIRIAM Registry des EBI-EMBL oder von der TissueDistributionDB mit einer Tissue Synonym Library am Deutschen Krebsforschungszentrum Heidelberg oder auf den Webseiten des Bioportal (National Center for Biomedical Ontology, Stanford, USA). Die Nutzer der BTO kommen aus den Bereichen Medizin und Pharmazie, die sich mit dem Vorkommen und histologischen Nachweis von krankheitsrelevanten Enzymen in Geweben beschäftigen, die eine wichtige Rolle in der Diagnose und Behandlung sowie in der Medikamentenentwicklung spielen. In der biochemischen und biotechnologischen Forschung dient der gewebespezifische Nachweis von Enzymen dazu, um Stoffwechselvorgänge, Regulationen und Funktionen besser verstehen zu können. Mit Hilfe von strukturiertem und kontrolliertem Vokabular sind Ontologien ein wichtiges Werkzeug, um die evolutionären Zusammenhänge bildlich darzustellen und miteinander zu verknüpfen. Die Entwicklung der BTO begann 2003 mit dem Ziel, die biochemischen und molekularbiologischen Enzymdaten von BRENDA („BRaunschweig ENzyme DAtabase“) mit einer hierarchischen und standardisierten Sammlung an gewebespezifischen Begriffen zu verbinden. Die enzymspezifischen Daten und Informationen in BRENDA werden von Biochemikern, Biologen und Chemikern manuell aus wissenschaftlicher Literatur annotiert. Derzeit (Stand August 2014) enthält die BTO 5500 Begriffe, denen 4000 Synonyme und 4500 Definitionen zugeordnet sind; jeder Begriff ist jeweils mindestens einer Literaturstelle und einem Enzym zugeordnet. Die sogenannten Terme (= Begriffe) sind nach den allgemeinen Kategorien, Regeln und Formaten des Gene Ontology Konsortiums (GO,) klassifiziert. Die Terme werden nicht als klassische Hierarchie, sondern in Form eines gerichteten azyklischen Graphen (DAG, directed acyclic graph) dargestellt und mit Hilfe des Editors (Bearbeitungsprogramms) OBO-Edit erstellt. Von jeder Ebene der Hierarchie ist ein direkter Zugriff auf die funktionellen Enzymdaten in BRENDA möglich. Viele Enzyme werden gewebespezifisch exprimiert, so dass die BTO geeignet ist, diese voneinander zu unterscheiden. (de)
- Die BTO (BRENDA Tissue Ontology) ist eine umfangreiche, strukturierte Enzyklopädie. Sie bezieht sich auf Begriffe und Bezeichnungen für Gewebe, Organe, anatomische Strukturen, Pflanzenteile, Zellkulturen, Zelltypen und Zelllinien in Organismen aus allen taxonomischen Gruppen (Tieren, Pflanzen, Pilzen und Einzellern), aus denen die Enzyme isoliert bzw. in denen sie nachgewiesen wurden. Die BTO ist eine der ersten gewebespezifischen Ontologien im Bereich der Lebenswissenschaften, die sich nicht auf einen Organismus oder eine Organismengruppe konzentriert und somit einen leichten Zugang zu den umfassenden Informationen ermöglicht. Sie wird von anderen Datenbanken als Datenquelle verwendet oder in deren Suchfunktionen integriert, beispielsweise vom Ontology Lookup Service und MIRIAM Registry des EBI-EMBL oder von der TissueDistributionDB mit einer Tissue Synonym Library am Deutschen Krebsforschungszentrum Heidelberg oder auf den Webseiten des Bioportal (National Center for Biomedical Ontology, Stanford, USA). Die Nutzer der BTO kommen aus den Bereichen Medizin und Pharmazie, die sich mit dem Vorkommen und histologischen Nachweis von krankheitsrelevanten Enzymen in Geweben beschäftigen, die eine wichtige Rolle in der Diagnose und Behandlung sowie in der Medikamentenentwicklung spielen. In der biochemischen und biotechnologischen Forschung dient der gewebespezifische Nachweis von Enzymen dazu, um Stoffwechselvorgänge, Regulationen und Funktionen besser verstehen zu können. Mit Hilfe von strukturiertem und kontrolliertem Vokabular sind Ontologien ein wichtiges Werkzeug, um die evolutionären Zusammenhänge bildlich darzustellen und miteinander zu verknüpfen. Die Entwicklung der BTO begann 2003 mit dem Ziel, die biochemischen und molekularbiologischen Enzymdaten von BRENDA („BRaunschweig ENzyme DAtabase“) mit einer hierarchischen und standardisierten Sammlung an gewebespezifischen Begriffen zu verbinden. Die enzymspezifischen Daten und Informationen in BRENDA werden von Biochemikern, Biologen und Chemikern manuell aus wissenschaftlicher Literatur annotiert. Derzeit (Stand August 2014) enthält die BTO 5500 Begriffe, denen 4000 Synonyme und 4500 Definitionen zugeordnet sind; jeder Begriff ist jeweils mindestens einer Literaturstelle und einem Enzym zugeordnet. Die sogenannten Terme (= Begriffe) sind nach den allgemeinen Kategorien, Regeln und Formaten des Gene Ontology Konsortiums (GO,) klassifiziert. Die Terme werden nicht als klassische Hierarchie, sondern in Form eines gerichteten azyklischen Graphen (DAG, directed acyclic graph) dargestellt und mit Hilfe des Editors (Bearbeitungsprogramms) OBO-Edit erstellt. Von jeder Ebene der Hierarchie ist ein direkter Zugriff auf die funktionellen Enzymdaten in BRENDA möglich. Viele Enzyme werden gewebespezifisch exprimiert, so dass die BTO geeignet ist, diese voneinander zu unterscheiden. (de)
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- Die BTO (BRENDA Tissue Ontology) ist eine umfangreiche, strukturierte Enzyklopädie. Sie bezieht sich auf Begriffe und Bezeichnungen für Gewebe, Organe, anatomische Strukturen, Pflanzenteile, Zellkulturen, Zelltypen und Zelllinien in Organismen aus allen taxonomischen Gruppen (Tieren, Pflanzen, Pilzen und Einzellern), aus denen die Enzyme isoliert bzw. in denen sie nachgewiesen wurden. (de)
- Die BTO (BRENDA Tissue Ontology) ist eine umfangreiche, strukturierte Enzyklopädie. Sie bezieht sich auf Begriffe und Bezeichnungen für Gewebe, Organe, anatomische Strukturen, Pflanzenteile, Zellkulturen, Zelltypen und Zelllinien in Organismen aus allen taxonomischen Gruppen (Tieren, Pflanzen, Pilzen und Einzellern), aus denen die Enzyme isoliert bzw. in denen sie nachgewiesen wurden. (de)
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